Созданная в 1987 году приказом Главного управления Государственного таможенного контроля при Совете Министров СССР, это была первая на Урале таможня.
В зону деятельности Магнитогорской таможни вошли Челябинская, Свердловская, Пермская, Тюменская, Курганская области и Башкирия. Создание службы было вызвано началом строительства прокатного стана «2000» на Магнитогорском металлургическом комбинате.